El Club Atlético San Agustín se fundó el 29 de junio de 1925 como una iniciativa de un grupo de vecinos de la citada localidad. En ese momento la población superaba las cinco mil personas y la actividad social que se comenzó a desarrollar en las instalaciones era variada y muy importante.

Con el paso de algunos años se adquirieron terrenos para construir la sede en la cual pasarían a desarrollarse distintos deportes, tales como pelota-paleta (con un frontón construido allí) y fútbol, entre otros.

Al poco tiempo se comenzó a trabajar en la cancha donde durante años Atlético jugó como local en las recordadas participaciones que tuvo en la Liga Balcarceña, siendo un reducto muy complicado para todos los equipos de las localidades vecinas que la visitaban.

La participación futbolística de Atlético en la mencionada liga de fútbol estuvo marcada por grandes equipos, jugadores que aún son recordados, obteniendo su logro más importante en 1970 al consagrarse campeón con una campaña que quedó para siempre en la memoria de los fanáticos. Aquel plantel con Juan José Manestar, Alfredo Furno, Eduardo Rubén Molinero, Abel Alberto González, Roberto Torreira, José Antonio Labaroní, Roberto Oscar Monrroy, Carlos Alberto Negreira, Martín Enrique Esperati, Horacio A. Pérez, Hugo Antonio Gómez, Alfredo Néstor Fernández, Rubén Eden Nagore, Miguel Ángel Ranilla, Oscar Gérez y José Vicente Gómez fue el que se llevó los elogios de los amantes del buen fútbol al dar la vuelta olímpica.

Ese logro no fue el único, en 1958 asciende a Primera luego de haber descendido el año previo. En 1971 fue el primer equipo balcarceño que jugó un torneo regional clasificatorio para integrar  la Primera División de AFA vs Kimberley (Mar del Plata), J. Newbery (Lobería), Est. Quequén (Necochea) y Atlético Cosme (Madariaga); luego, en la liga local, desciende para subir en 1982; vuelve a bajar al año siguiente y obtiene el último ascenso en 1989 donde jugó hasta 1991, último año de su participación. La actividad deportiva y social fue durante años la que mantuvo con vida a la Institución.

La década del ´90 marcó un quiebre en la vida de Atlético: dejó de participar en los torneos de la Liga Balcarceña por problemas económicos y con ello vio como sus puertas se cerraban a toda actividad.

El paso del tiempo hizo que esta situación comience a revertirse a través de un grupo de jóvenes vecinos que con mucho esfuerzo y trabajo comenzó a reformar y arreglar la sede que había sufrido varias inclemencias por el lógico paso de los años y a generar nuevos aunque escasos ingresos.

Este grupo de emprendedores buscaron también la recuperación de la actividad social y deportiva que parecía ya perdida en el tiempo. Así fue que Atlético San Agustín volvió a participar en la Liga Balcarceña de Fútbol con dos divisiones -Primera y Reserva-, sumándose, luego, las infantiles. Proceso de un largo camino para reflotar la gloriosa historia del club.